Hola
Por el lado de la operatividad de la BD no tendrias problemas al cambiar el password de SYSTEM o SYS o a nivel de la cuenta oracle del sistema operativo.
Las consideraciones podrian estar mas a nivel de scripts, procesos batch, procedimientos de backup, etc. que usen informacion de autenticacion de estas cuentas, digamos que en los scripts tengas "hardcoded" estos passwords. Tambien si tienes definidas credenciales preferidad a nivel del Enterprise Manager o el Database Control.
Saludos.